平成30年度税制改正により、青色申告特別控除の見直しがおこなわれ、平成32（2020）年分から適用されます。

基礎控除の引き上げと給与所得控除の引き下げにともない、青色申告特別控除が図表のとおり見直されます。①の控除額55万円は、正規の簿記の原則（いわゆる複式簿記）により記帳し、書面による申告をおこなう場合です。②の控除額65万円は、正規の簿記の原則により記帳し、その年分について「電子帳簿保存法の適用」または「イータックスによる提出」をおこなう場合です。なお、控除額10万円の変更はありません。

電子帳簿保存法とは、パソコンなどを使って記帳した帳簿や青色申告決算書などの書類を電磁的記録などにより保存することを認める法律です。この制度の適用を受けていないときは、パソコン会計ソフトを使用した場合でも、帳簿は印刷して保存する必要があります。制度の適用を受けるためには適用する年の前年9月末までに、承認申請書を税務署に提出して承認を受けます。ただし、平成32年分の青色申告特別控除の要件に関しては、その年中に申請をおこない、電磁的記録による備付けを開始する日から同年末まで、これを継続しておこなっていればよいこととされます。

その年分の所得税の確定申告書などの提出を、イータックスを使って提出期限までにおこないます。イータックスを始めるためには届け出をおこない、電子証明書を搭載したマイナンバーカードを取得するなどの事前準備が必要です。